Od roku 1776 byly Litoměřice posádkovým městem. Protože minulé války ukázaly snadnost dobytí města, rozhodl Josef II. o vybudování pevnosti Terezín (dokončena 1790). Tím město pozbylo strategického významu. Marie Terezie a Josef II. také budovaly síť státních silnic. I zde město utrpělo. Hlavní tah totiž vedl od Prahy přes Terezín na Lovosice. Město se tak ocitlo mimo hlavní komunikace. Zůstávala labská doprava, ale funkci strategických nákladních přístavů na Labi postupně přebírali Lovosice a Ústí nad Labem. I to byly důvody, že počínající industrializace zasáhla město jen nepatrně. Věhlasu dosáhla snad jen tiskárna K.W. Medaua, který zahájil její provoz v r. 1817.

  Co ještě město potkalo? Od r. 1810 byly bořeny náspy a hradby, místo nich rostla nová zástavba, ale i parky a sady. Josef II. nařídil odstranění pěti hřbitovů z území vnitřního města. 1818 dostalo město petrolejové osvětlení, 1838 bylo vydlážděno náměstí. 1814 byl povodní stržen most, r. 1823 byl dokončen nový.

  Klesající prosperitu města vyjadřuje i pokles stavebních aktivit a poměrně nevýrazné zastoupení nových stavebních slohů – klasicismu a empíru. Mezi významnější počiny můžeme zařadit stavbu městského divadla (arch. Josef Gaube, 1822). Divadlo se však v Litoměřicích hrálo již od r. 1788, původně však v aule gymnázia. Z dalších empírových památek jmenujme alespoň dnešní Úřad práce a dům čp.150-151 na náměstí.

  Město si však udrželo svůj kredit v oblasti vzdělání. Městská škola byla roku 1775 přeměněna ve školu hlavní s německým vyučovacím jazykem. Tím zaniká české školství v Litoměřicích (bude obnoveno až 1880). Je zřízena také samostatná dívčí škola (1820). Dále funguje gymnázium, od r. 1781 také německy (pro zajímavost počty studentů: 1778 – 80 studentů, 1823 – 341 studentů). I církevní školství má ve městě své zastoupení – v budově jezuitské koleje vzniká diecézní seminář.

  Litoměřice se stávají rovněž střediskem osvícenské vědy. Zásluhu na tom v počátcích mají hlavně litoměřičtí biskupové. Emanuel Arnošt z Valdštejna (biskupem litoměřickým v letech 1759-89) vybudoval obrovskou knihovnu, shromáždil v rezidenci neobyčejnou výtvarnou sbírku (719 děl vysoké úrovně) a sbírku mincí, která je základem dnešní numizmatické expozice Národního muzea. Biskup Ferdinand Kindermann (1790-1801) velmi podporoval vzdělání – zakládal industriální školy i dívčí vzdělávací institut při biskupství. Před svou biskupskou službou řídil z pověření Marie Terezie zavádění povinné školní docházky v Čechách.

  Asi nejznámějším vzdělancem v tomto období je Josef Jungmann, který přichází do Litoměřic ve 26 letech roku 1799 jako profesor místního gymnázia (budovu gymnázia dnes připomíná pamětní deska v Jezuitské ulici). Po sňatku (1800) žil v Dlouhé ul. č.179, v Litoměřicích se mu narodilo celkem šest dětí. Na gymnáziu vyučoval rétoriku a poezii, od r. 1800 nepovinně i češtinu a českou literaturu (Litoměřice tak byly prvním městem v Čechách, kde se na gymnáziu učila čeština!). Kromě vyučování psal v Litoměřicích i vlastní poezii, vědecké práce, sbíral materiál pro svůj česko-německý slovník. Působil zde do r. 1815, kdy odešel do Prahy. Od roku 1973 nese jeho jméno i současné litoměřické gymnázium.

  Dalším významným vlastencem byl biskup Josef Hurdálek (1816-1824). Za jeho působení se v semináři objevilo několik zastánců myšlenek B. Bolsana. Metternichovský režim však nařídil vyšetřování a všichni (prof. J.M. Flessl,V.  Zahradník, ...) i biskup Hurdálek museli složit své funkce.

  Ve 30.letech sílí jazykový patriotismus. Několik litoměřických vlastenců se hlásí k Matici české.

  Nejznámější osobností, která prošla Litoměřicemi ve 30.letech 19.st. byl bezesporu Karel Hynek Mácha. Do města přišel po vydání svého Máje a ukončení studia práv jako právní praktikant. Dorazil 30.9.1836, zaměstnání našel u justiciára Josefa Durase v kanceláři v Dlouhé ul.199, byt na Jánských (dnes Máchových) schodech č.177. Dne 23.10.1836 pomáhal hasit stodoly pod Dlouhou bránou a pil při tom závadnou vodu. Na následky infekčního onemocnění zemřel ve svém litoměřickém bytě v noci z 5. na 6. listopadu 1836. Pohřben byl 8.11. na litoměřickém hřbitově v den své zamýšlené svatby. Je zajímavé, že jeho hrob navštívil v roce 1846 Karel Havlíček Borovský a podal návrh na zbudování prvního litoměřického pomníku Karlu Hynku Máchovi.