Náboženské spory vypukly v Litoměřicích otevřeně už v r. 1617, když za měšťany nebyli přijati dva katolíci. Do tzv. 2. stavovského odboje vstoupilo město na straně protikatolické, a to nominací Pavla Stránského na sjezd nekatolických stavů v březnu 1618. V období stavovské revolty byly zabírány četné církevní majetky a statky. Obrat nastává po Bílé hoře. R. 1621 byly Litoměřice odsouzeny za velezradu ke ztrátě „cti, života i majetku“. Města se dotkl hlavně třetí bod. R. 1624 vyšly četné patenty proti nekatolíkům – zákaz přijímat je za měšťany, zákaz jejich živností, vypovězení kněží a kazatelů. Od r. 1624 působily ve městě i v kraji rekatolizační komise, inkviziční komise odstranila všechny symboly nekatolictví ve městě (kalichy, obrazy J. Husa,...). Mnoho nekatolíků raději volí exil. V srpnu 1627 odchází i P. Stránský, který píše, že z města odešlo více než 500 osob (je-li toto číslo pravdivé, pak po Praze to bylo nejvíce z celých Čech), mířících hlavně do Pirny. Do města se dostávají také dva nejagilnější protireformační řády – jezuité (1635) a kapucíni (1638).

  Také válečné události třicetileté války se velmi citelně dotkly města. Obrovské peníze stojí město vydržování císařské posádky, která byla ve městě od r. 1621. Albrecht z Valdštejna zřizuje ve městě velký sklad střelného prachu. Do r. 1631 byly sice Litoměřice ušetřeny válečných operací, o to horší to však bylo v letech následujících. Proticísařští Sasové dobývají město za velkého plenění okolí (spálen byl i most přes Labe) 15.11.1631, s nimi se vrací i četní exulanti. R. 1632 obsazují město císařští, 1634 Švédové (s nimi přichází i Václav Vilém z Roupova, někdejší vrchní direktor, který v Litoměřicích téhož roku umírá), ještě téhož roku opět císařská armáda. R. 1638 je město dějištěm politických spojeneckých jednání Ferdinanda III. a Jana Jiřího Saského. V letech 1639-40 vyplení okolí Švédové gen. Banéra (spálí 4 mlýny, 2 kostely, předměstí, most, zničí vinice a sady, město musí zaplatit výpalné 35 860 zlatých a 183 sudů vína). Znovu Švédové dobývají město v letech 1643 a 1645, naposledy ještě v srpnu 1648. Odtáhli odsud až v říjnu 1649 (rok po podepsání vestfálského míru!!!). Důsledky války byly pro město katastrofální – z 597 domů bylo jen 93 obyvatelných, z toho 25 bylo pustých. Počet obyvatel v roce 1609 se odhaduje přes 5000, po válce (1650) jen asi 1700 !!!

  Po třicetileté válce je dovršována rekatolizace. R. 1655 je založeno litoměřické biskupství (prvním biskupem byl Maxmilián Rudolf ze Schleinitz). Posilují jezuité – budují zde svou kolej, seminář, spravují gymnázium a budují mohutný barokní chrám Zvěstování Panny Marie (vysvěcen 1731).Ve městě dočasně žili i slavní jezuité B. Balbín a J. Kořínek. Svůj klášter s kostelem sv. Ludmily zde budují i kapucíni (1654-57). To vše v duchu baroka, které se v  Litoměřicích prosadilo ze všech slohů nejvýrazněji.

  Baroko se ve městě prosazuje po pohromách války. Nejvýrazněji se projevilo v architektuře. První počiny jsou spojeny s právě založeným biskupstvím. Do poč. 70.let 17.st. je dokončována novostavba katedrály sv. Štěpána. Hlavně severoitalští stavitelé Domenico Orsi (buduje konvent dominikánského kláštera, dnes Státní oblastní archiv) a Giulio Broggio (staví biskupskou rezidenci, most přes Labe – 1711 se 14 barokními sochami) udávají tón litoměřického baroka. Vrchol pak představuje druhorozený syn Giulia Octavio Broggio (nar. 1670 v Čížkovicích) – projektuje jezuitský kostel, kostel sv. Vojtěcha (1708), barokizuje kostel Všech svatých, staví palác v Michalské ul.36 (dnes galerie), dům U Pěti panen čp.42 na náměstí. Tohoto stavitele označují současné publikace za nejvýznamnějšího mimopražského architekta českého baroka.

  Ze sochařství stojí za zmínku alespoň morový sloup na náměstí (G.Broggio, 1680). Z malířských památek pak pět obrazů Karla Škréty v dómě sv. Štěpána a obraz sv. Tomáše Akvinského od Petra Brandla pro klášter dominikánů (dnes v GVU).

  Baroko zasáhlo město skutečně silně. Ještě dnes, odmyslíme-li si nános 20. století, jeví se Litoměřice jako město převážně barokní.

  Už jména stavitelů naznačují etnické změny ve městě. Převážně české Litoměřice zažívají příliv německého etnika (hlavně od 60.let 17.st.), v menší míře také italského. Přesto je čeština stále hlavním jazykem, a to až do tereziánských a josefínských reforem (od r. 1739 proniká němčina do městských knih, od r. 1775 byla němčina vyučovacím jazykem městské školy).

  Další války, kterými město utrpělo, byly válka o rakouské dědictví a sedmiletá válka. V r. 1741 obsadili město Sasové, po nich Francouzi. R. 1757 pobýval ve městě sám pruský král Fridrich II. Město velmi trpělo kontribucemi, velkou koncentrací obyvatelstva, epidemiemi.

  Tyto války vedly k dalšímu poklesu významu města. V počtu domů se Litoměřice v pol. 18.st. řadí až na 29.-39. místo v Čechách. Počet obyvatel v téže době ve městě je 1031, i s předměstími 2257.

  Důsledkem válek i nezachycením ekonomických trendů počínající industrializace tak město ztrácí význam, který mělo ve středověku. Do novověku vstupuje jako řadové české město. Neztratí však svůj význam po stránce úřední, školské, vojenské a církevní.